本田飞度三是有魔术座椅的，魔术座椅并不是指可以用来变魔术，而是指其功能变化十分多样，其后排坐垫可以抬起并靠在背靠上固定住，给后排腾出超大的空间用来摆放物品。
除了上面的变化，飞度三的魔术座椅还有很丰富的玩法，例如将前排座椅的头枕拆掉，靠背向后放平，就能形成一张简易的床，日常出游如果感到疲惫时可以用作休息补眠，而后排座椅的背靠向前放倒，就可以腾出纯平地台的超大载物空间。如此方便的设计在飞度二代时本来是全系标配的，但到了飞度三只有精英版和领先版两款高配车型上才有了。本田的车在空间上本身就十分具有优势，而魔术座椅的设计更是把空间利用玩到了极致，因此本田被称为空间魔术师真的丝毫不夸张。